反滲透系統在日常的運行中，難免會出現系統的無機物結垢、膠體顆粒物的沉積、微生物的滋生、化學污染以及其它問題，這些因素影響著系統安全穩定的運行。下面主要闡述膜系統在日常中出現的問題及控制方法。
一、無機物的結垢
在水中存在Ca2+、Mg2+、Ba2+、Sr2+、CO32-、SO42-、PO43-、SiO2等離子。在一般的情況下是不會造成無機物結垢，但是在反滲透系統中，由于源水一般濃縮4倍，并且pH也有較大的提高，因此比較難溶解的物質就會沉積，在膜表面形成硬垢，導致系統壓力升高、產水量下降，嚴重的還會造成膜表面的損傷，使系統脫鹽率降低。
衡量水質是否結垢有兩種計算方法：
控制苦咸水結垢指標
對于濃水含鹽量TDS≤10,000mg/L的苦咸水，朗格利爾指數(LSIC)作為表示CaCO3結垢可能性的指標：
LSIC=pHC-pHS
式中：LSIC：反滲透濃水的朗格利爾指數
pHC：反滲透濃水pH值
pHS：CaCO3溶液飽和時的pH值
當LSIC≥0，就會出現CaCO3結垢。
二、膠體、顆粒物沉積
膠體、顆粒物污染是比較常見的反滲透系統污染。水中大量存在粘泥、膠體硅、金屬的氧化物及有機質等顆粒物，在反滲透系統預處理中可以將源水中的這些污染源控制在一定程度，不致使對系統短期運行造成一定的影響。但由于系統長時間的運行預處理處理效果不理想、預處理反沖洗不徹底、操作人員的日常操作不到位等原因，都會造成系統膠體、顆粒物的污染。
針對膠體污染，通過淤泥密度指數(Silt Density Index ，SDI)來衡量。SDI數值反應了在規定時間內，孔徑為0.45um測試膜片被測試給水中的淤泥、膠體、黏土、硅膠體、鐵的氧化物、腐植質等污染物堵塞的比率和污染程度。
