南京市排水管理處成立于1978年，屬差額撥款的事業單位。2004年，因市政管養體制改革，原承擔的行業規劃、行業執法、行業考核、城區防汛、排水許可等行業管理職能剝離。目前，主要負責全市污水管道、污水泵站、雨污合流泵站和部分雨水管道、雨水泵站以及市管水閘、內秦淮河截流溝等排水設施的運行維護，并負責江心洲污水處理廠和仙林污水處理廠的運行。同時，承擔部分排水工程的建設任務和排水許可的委托檢測工作。 處機關設辦公室、黨群工作部（工會、共青團）、運行維護部、技術設備部、工程管理部、綜合管理部、安全保衛部、計劃財務部8個部門，共設有江心洲污水處理廠、仙林污水處理廠、管線管理所、閘站管理所、河道管理所、排水監測站、給排水工程公司、監理咨詢公司8個基層單位。 另外，2002年經主管局批準成立的江心洲污水處理廠擴建工程指揮部（簡稱“江擴指”），隸屬于排水管理處，相對獨立運作。先后承擔了江心洲污水處理廠擴建工程、仙林污水處理廠一期建設工程的建設任務。目前主要負責鎖金村地區雨污分流改造工程、玄武湖流域雨污分流及水環境整治工程的建設工作。根據所承擔的工作任務，2010年7月對江擴指機構予以撤銷，人員與工程管理部作了整合，保留江擴指綜合協調辦公室負責處理江心洲污水處理廠建設的善后事宜。
南京市排水管理處位于江蘇路20號，是一家專注于環境保護的高新技術企業。作為專業的環保公司，始終以中國的環境保護事業為己任，竭誠致力于環保服務事業，綜合實力在全省同類型企業名列前茅。南京市排水管理處成立以來，已經取得國家環保部頒發的污染治理設施運營資質證書，具體為：2009年獲得生活污水甲級資質，有效期為2012年05月；2009年獲得工業廢水甲臨資質，有效期為2012年05月。